За да се използва препарата Байкал ЕМ1, е необходимо първо да се приготви работен разтвор. Концентрацията на работния разтвор зависи от обекта на неговото прилагане. За получаване на нужната концентрация, препарата се разрежда с вода, като може да се добави и хранителна среда, за да се създадат по-благоприятни условия за микрофлората на препарата, да се намали стреса, да се адаптирато по-бързо към новата среда и да се заложат предпоставки за размножаване.
