Един от способите за използване на препарата Байкал-ЕМ1 е поливането на почвата с разреден разтвор в концентрация 1:100. Почвата е много сложна система със собствена микрофлора и поради това действието на внесения в нея микробиологичен препарат се определя от множество различни фактори. Основното действие на препарата се определя от стимулиращото действие на местната микрофлора.